Obanos surge vinculada a su pasado medieval y al amparo del Camino de Santiago. Su recuerdo está asociado con la curiosa leyenda del Misterio que lleva su nombre y que es representado bianualmente por la ciudadanía en la plaza medieval del municipio.

La leyenda cuenta la tragedia de los hermanos San Guillén y Santa Felicia, hijos del duque de Aquitania, peregrinos a Compostela. Asustada Felicia por el anuncio de su casamiento, se escapó y fue a una casa de Arnotegui donde trabajó como sirvienta. Su hermano Guillén, la buscó, y al intentar llevarla con él ésta no quiso irse afirmando que ya tenía dueño. Preguntó el hermano donde estaba y ella señaló su pecho. Allí clavó su hermano furiosamente el puñal. Guillén se quedó luego como penitente hasta su muerte, para expiar su culpa en el monte Arnotegui.

Actualmente, una estela al borde del camino que sube a la Ermita de Santa María de Arnotegui Obanos, recuerda estos hechos y la presencia de sus restos en la ermita. En la sacristía de la iglesia de San Juan Bautista, se conserva como reliquia el cráneo de San Guillermo, enfundado en cubierta de plata. Por una original tradición, todos los años, el jueves de Pascua, se reparte al pueblo vino con agua, pasado por la venerada reliquia.

Esta iglesia fue edificada en 1912 en estilo neogótico para sustituir a otra anterior que se situaba en la antigua cooperativa. De la antigua iglesia se aprovecharon algunos materiales de la portada, los arcos del pórtico, la torre y bajo ésta la bóveda de la primitiva nave principal del siglo XIII. En el interior se encuentran dos grandes esculturas romanistas, la de San Juan Bautista, del siglo XVI y la Virgen con el Niño erguida con San Juanito a sus pies.

La población de Obanos está orgullosa de su pasado a través del nombre de La Junta de Infanzones que se constituyó en el reinado de Sancho VII el Fuerte, para defenderse de los abusos de la aristocracia y del pillaje de los malhechores. Las tensiones se agravaron en las dos primeras década del siglo XIV hasta tal punto que algunos dirigentes fueron multados, encarcelados e incluso ajusticiados. Los reyes Juana y Felipe de Evreux aceptaron jurar los fueros y admitir la legalidad tradicional exigiendo como contrapartida la disolución de todas las juntas y uniones. De esta manera, en 1329, se entregaron a la autoridad real tanto el archivo como el sello de la Junta de Obanos.

Tiene planta octogonal, al igual que la galería porticada que le rodea. En su eje principal se disponen, al oeste, una puerta de medio punto y, en su lado oriental, el ábside, semicircular al interior y poligonal al exterior. La cúpula es peraltada de ocho nervios de sección cuadrada al estilo musulmán.

En su eje transversal se abre, por el lado norte, otra portada principal, con decoración de animales, monstruos, cuadrúpedos y figuras humanas en su arquivolta superior.

Destaca la sobriedad del edificio de muros de sillar siendo los capiteles de las columnas los únicos motivos decorativos con figuras humanas y animales, predominando temas vegetales.